北京301医院先后获得省部级以上科技成果奖励1300余项，其中，国家科技进步一等奖7项，二等奖22项，国家发明奖3项，军队科技进步一等奖21项。医院承担“973”、“863”等各类课题800多项，在中国国内、国际公开发表的论文总数和国内论文被引用次数连续4年居全国医院之首。

令狐恩强率先定名完善消化内镜隧道技术，模糊了消化内外科的界限，替代了一批传统外科手术；率先提出基于保持人体解剖结构不变条件下，达到祛除疾病目的的超级微创手术新概念，替代长期存在以切除器官为代价的手术模式，为未来手术方法学与器械研发指明了方向。

令狐恩强提出的诊断与治 疗一体的LDRf分型记录法，是全世界首 个覆盖全消化道的静脉曲张分型记录法，在全国使用；提出的肝移植术后ERCP胆管狭窄的A/B/C/D 分型法对胆管狭窄的治 疗具有一定的指导意义；提出的贲门失弛缓内镜下I/II/III分型法、与黏膜粘连度a/b/c/d/e/f分级法填补了国际空白，为消化内镜隧道技术的适应证与禁忌症的制定奠定了基础。

令狐恩强为中国逆行胰胆管造影（ERCP）规范的出台做出了积极的贡献，为中国消化道早癌的内镜下技术的完善与普及做了大量工作，为中国的内镜下早癌切除跻身世界先进行列做出了积极的贡献。