从国内MES的起步到现阶段的突破性发展，清晰地展现了国内MES系统技术在研究、应用上的发展成果，同时也清晰的指出了国内MES的突破口在于：深化应用。发展证明：MES系统只有不断深入研究、深入应用，才能够实现技术与应用上的创新和突破。
那么国内MES的突破发展，应当从哪些方面进行深化研究与应用呢？国内MES深化应用的突破口主要在以下几方面：
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1、MES系统体系构架与功能上
到目前为止，国内MES系统在体系架构、功能等方面的研究上取得了一定进展。过去，MES的研究和开发，将ERP系统中计划和调度等相关功能移植到MES体系架构中。从技术层面看，流程行业MES系统体系架构、功能、平台的技术开发基本掌握，并形成系统平台，而国内MES系统要深入发展，还应当就将MES系统体系构架与功能在实际应用中深化。
2、面向国内应用需求开发适应的MES
国内MES的突破口，还在于围绕国内企业生产管理的国情，开发适合国内企业深化应用的MES系统，中国MES系统研究机构、开发商、应用企业等够已经在向这个方向努力。
3、工程界与企业的深化应用
MES系统在工程界、企业中已经得到应用，并且见到了应用成效，更应当深入拓展应用，实现精益化管理。
4、缩短与国外MES的差距
国内MES的突破口的深化应用应当找准方向，投入研究与更大的努力。但不可否认的是，国内MES系统的研发技术与应用，仍然与国外存在相当大的差距，主要表现在以下两个方面：
MES系统的主要内容是生产过程管理，其中必然要涉及生产计划，包括产品的质量计划、消耗计划、成本计划等等，这些计划终通过调度指令、生产活动，而在过程优化上，国内MES显然不足，因此过程优化也是国内MES的突破口之一。
国内MES系统的智能化的实现技术与国外有较大的差距。过去，生产过程管理凭借管理人员和操作人员的经验， MES系统仅仅提供了一个替代经验管理方式的操作系统平台，但如何将生产管理者的经验固化在MES系统中，成为国内MES的有一大突破口。MES智能化是未来我国MES系统实现跨越发展的主要方向。
5、离散型工业MES系统的发展
现阶段，国内MES系统平台开发基本完成，MES系统也在在钢铁、石油、化工等流程型行业取得一定效果。提高MES优化、智能化水平将是未来MES系统的主要研究方向和重要的工作。但要使MES系统实现总体上的应用，更重要的任务是实现MES系统在企业中的推广深化应用。要形成完整的MES，还需要促进MES系统在离散制造业应用与拓展。