ISO9001认证审核过程中常见的问题包括：

1. 文件记录不全或不规范；

2. 流程未被有效控制或流程控制不完善；

3. 员工对ISO9001标准要求的认识不够深刻；

4. 管理体系遵从和执行不一致；

5. 管理体系未满足内部需求或客户要求；

6. 风险分析和评估不足或缺乏有效控制；

7. 内部审核不到位或不符合要求。

以上是常见的ISO9001认证审核问题，需要企业针对这些问题进行充分的整改和提升。