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一、洁净厂房必须保持一定的正压使外界未经净化的空气不会进人净化区域，保证洁净级别;并且通过对各净化区域的不同的压差控制，达到净化分区的作用，在GMP中就要求不同净化级别区域的压差应得到控制不小于+5Pa。HVAC系统阻力变化，主要是过滤器阻力的变化，会引起送风量的变化，影响室内压差的波动。对其控制较易，只要运行到一定时期后系统阻力变化至一定值时，人工及时调整便可。亦常用在定风量阀控制压差时，能自动维持送风量不变，亦有采用变速的送风机，以过滤器压差进行风机转速控制，维持风量一定。
二、无尘车间工艺排风的变化必然带来压差的波动，而排风量的变化有时是较大的，此时为不使室内压差波动，不使引起反向流，需要采用闭环控制。无尘车间的压差控制方式及其系统的选择应与要求相适应。常用的无尘车间压差控制方式基本有两类。一类是所谓的静态控制，即定风量控制，另一类是以“直接压力”控制的闭环控制系统以及余压阀控制。定风量控制，其特点是：在无尘车间门关闭的情况下，使送风(新风+回风)=回风+排风+压差风量，建立压差值；除压差风量外，其余各风量都维持一定。
三、定风量阀控制是在无尘车间的送风管、回风管及排风管上各设定风量阀，亦有只在送风管、排风管上设置，而回风管上不设，当然以前者为好，但投资更大些。定风量阀为以弹簧及阀体等组成的机械，能对风管内静压力的变化由弹簧带动阀体位移进行补偿，使风量维持一定，它对HVAC系统的阻力变化时能自动维持送入风量一定，且风量控制较准确。目前在隔离病房、手术室、实验室等用得较多。为节能当前某些制药厂亦有采用回风与局部排风阀关闭，此时联动回风阀开启，以等同的风量进行联锁倒换，以保持室内压差。此时，宜采用回风风机并是变速的，排风机亦宜是变速的，都可以以各自风管的静压来控制风机的转速。为节能定风量阀可以采用双稳态的，即无尘车间在工作时采用额定风量运行，在不工作时，采用低风量运行以节能，风机可采用双速或变频变速风机。双稳态的设定可以是人工设定，亦可以是灯光控制，常在手术室及某些实验室中采用。
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四、对于同时设有洁净生产和一般生产的建筑物，人净入口设在洁净区的日常入口；对于整幢建筑物用作洁净生产的情况，人净入口往往也就是厂房的主要入口。人员净化用室和生活用室的设计，应符合：人员净化用室的入口处，应设净鞋措施；存外衣和更洁净工作服应分别设置；盥洗室应设洗手和烘干措施；空气吹淋室应设在洁净区人员入口处，并应与洁净工作服更衣室相邻；外衣存衣柜应按设计人数每人设一柜，洁净工作服宜集中挂入带有空气吹淋的洁净柜内；洁净区内不宜设厕所，人员净化用室内的厕所应设前室。
从人净用室进入洁净生产区后，如果洁净面积较大的厂房，一般先经洁净通道再分散进入各洁净生产用室；厂房面积不大时，人净用室应集中布置在有利于面积使用和日常管理的区域。若厂房的面积较大，或厂房内有多种洁净度等级的洁净室，或者是厂房中按工艺要求有一般生产和洁净生产时，可以将其中的换鞋、脱存外出服等集中设在厂房总入口附近，而将吹淋室，穿洁净工作服室等分别紧靠所服务的洁净生产区来安排，需要特别指出的是：人净用室中的洁净工作服室、吹淋室或气闸室必须毗邻洁净生产区布置，以避免更换后的工作服受到污染。人净与生活用房的净高同厂房的生产部分比较接近，平面尺寸也较灵活，同生产用室容易结合，洁净生产区为无窗区的情况下，应使人净用室和生活用室的同厂房的组合中，能充分借景于室外的庭园与自然风光，创造良好的劳动条件，提高劳动效率。
五、净化用室宜包括雨具存放室、换鞋室、存外衣室、浴洗室、洁净工作服室和气闸室（或空气吹淋室）等。100级、10000级洁净区的人员净化用室中，存放外衣室和洁净工作服室应分设置，外衣存放柜和洁净工作服柜按较大班人数每人一柜设计，浴洗室应设洗手和设施，并应安装自动烘干器，而且水龙头的开启方式以不直接用手开启为宜，水龙头个数按较大班人数每10人设一个。为了保持洁净生产区的空气洁净度并维持室内正压，在洁净生产区的入口处应设置气闸室或空气吹淋室，气闸室有两个以上的出入门，并且应有防止同时开启的措施，门的联锁可采用自控式、机械式或信号显示等方式。气闸室也可用空气吹淋室代替，同样，空气吹淋室使用时也不能将出入门同时开启，设置单人吹淋室时，宜按较大班人数每30人一台设置，当洁净区域人员超过5人时，空气吹淋室的一侧应设旁通门，供下班或应急时使用。
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