主轴是大型CNC加工中心机床一大核心部件，加工表面精度绝大部分都和主轴有关，所以主轴的质量很关健。由于使用调速电机，数控机床主轴箱结构比较简单，容易出现故障的部位是主轴内部的刀具自动夹紧机构、自动调速装置等。为保证在工作中或停电时刀夹不会自行松脱，刀具自动夹紧机构采用弹簧夹紧。若刀具夹紧后不能松开，则考虑调整松刀液压缸压力和行程开关装置或调整碟形弹簧上的螺母，减小弹簧压合量。此外，主轴发热和主轴箱噪声问题，也不容忽视，此时主要考虑清洗主轴箱，调整润滑油量，保证主轴箱清洁度和更换主轴轴承，修理或更换主轴箱齿轮等。
CNC加工和车床加工不同，加工中心加工时由于工具转动，便不可能在加工中及时掌握刀尖的情况来调节进刀量等。也不可能象数控车床那样可以只调节数控按扭就可以改变加工直径。这便成了完全自动化加工的一个很大的障碍。也正因为加工中心不具有自动加工直径调节机能(附有U轴机能的除外)，就要求镗刀必须具有微调机构或自动补偿机能，特别是在精镗时根据公差要求有时必须在微米级调节。
CNC加工前，用校表先检测刀具是否摆动在允许的公差范围内，刀头及锁咀要加工前用风枪 吹干净、或用布擦净方可装刀，太脏对工件的精度和质量有一定的影响。
装夹时，注意看清楚CNC加工工件和程式单的名称、型号是否相同，材料尺寸是否匹配，装夹高度是否够高，用卡尺卡数。
机床加工速度操作员要严格控制好，F速与S主轴转速要相互合理调节好，F速快时相对S主轴要加快，在不同区域有进给速度都要做调节。加工完后，检查质量没问题后方可下机，要做到一次加工完美。