第二池
起进一步发酵、沉淀作用，与池相比，第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。
第三池
主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
三格的比例
池和第二池的容积不同，对寄生虫卵沉淀的效果有一定影响。如果池的容积过小，粪便贮留的时间短，达不到粪便分解和沉淀的目的，粪便和虫卵可能进入第二池，不仪增加了第二池的负担，而且容易造成过粪管堵塞。如果第二池容积相对较小，粪便在第二池停留的时间短，则粪便无害化处理效果就差。三个池的比例一般应为2：1：3，池贮存20天，第二池贮存10天，第三池贮存30天。
化粪池有效深度为1000mm，最多不少于900mm，加上化粪池的上部空间，池深约为1150mm。
过粪管位置
过粪管安装的位置关系到粪便流动方向，流程长短，是否有利于厌氧和能否有效阻流粪皮、粪渣、以及保持一、二池的有效容积，新鲜粪便进入粪池后，多集中在上层形成粪皮，然后逐渐疏松崩解，比重较大的下沉形成粪渣，粪皮与粪渣之间为稀粪液。
化粪池的清掏周期与粪便污水温度、气温、建筑物性质及排水水质、水量有关。设计清掏周 期过短，则化粪池粪液浓度过高，与实际清掏周期差距过大，影响正常发酵和污水处理效果，甚至造成粪液漫溢，影响环境卫生。