第三方POS机和银行的POS机都会在指定的机构有备付金，结算都是经过中间商银联进行。
因此,只要是持有支付牌照的第三方支付机构发行的POS机和银行的POS机在资金安全性上是等同的。都是非常安全的！并且资金到账的速度也是一样的，因为都是走的银联通道进行结算的。不会像很多人理解的那样，银行的POS机到账会快一些，第三方支付机构的POS机到账会慢一些！毕竟如大家所知，人行要求各大支付机构对于备付金的存管比例要求一直在提高，今后在安全性方面，基本就没有任何可以顾虑的了。
效率
银行部门机构繁多,有时候申请一台银行POS机需要半个月左右，为何？
因为需要层层报备和层层审批！毕竟银行一直跟钱打交道，其自上而下都比较严谨，再加之其结构比较庞大，所以自然而然的比较慢。
然而第三方支付公司1-2天就能搞定，而且绝大不过支付公司快的话当天就能搞定！因为第三方支付机构架构很简单,资料上传总部,工作人员上门安装好就搞定了！而且办理第三方的POS机不需要指定哪家银行的银行卡，境内发现的代银联标志的借记卡均可受理，不用因为换卡的问题改变使用习惯，而且第三方支付装机简单便捷，而且现在有些支付公司推出的机器不需要营业执照等资料，而且能够做到秒开通的功能，个人用户较为方便。
银行POS机和第三方POS机的不同点：
银行POS机：
大部分银行POS机必须得对公帐户，商户法人装一台POS机是不能刷自己的信用卡的，一旦被风控到则是双冻的下场。
个体户开对公帐户的话需要准备：营业执照、税务、组织机构代码证、开户许可证、企业公章、法人私章、这些东西，如果资料不齐的话，补这些资料就要500-2500元。虽然现在政策松了，个体户也可以办理，但是相关的手续还是免不了。
银行开对公帐户，刷卡交易进对公账户，这样就会产生一定的税收。
银行愿意给个体户开对公帐户，商户主又得花300-1000元。比如：开户费、密码支付器费、年费。当然，部分银行有免收年手续费。
银行对公帐户，取款很不方便，必须得开支票去银行排队到柜台取钱。
银行办理POS机审核严格，下机慢，办理周期通常最快也得15天以上，到账时间通常都是T+1。
第三方POS机：
所有银联标识的信用卡都能够刷。
提供可对私（钱进法人账户，不进银行对公账户），合理避税。这个是大多数人的选择。
到账最快秒到，磁条卡T+1。