间接冷却是由鼓风机将库房内的空气抽吸进空气冷却装置，空气被盘旋于冷却装置内的蒸发管吸热后，再送入库内而降温。空气冷却方式的优点是冷却迅速，库内温度较均匀，同时能将贮藏过程中产生的二氧化碳等有害气体带出库外。
制冷控制系统采用全自动微电脑电气控制技术,智能温度控制，库内温度在+2℃～+8℃范围内自由设定，全自动温度恒温，自动开关机，无须人工操作，数码温度显示，确保库内药品存放安全。
疫苗冷库制冷控制系统采用全自动微电脑电气控制系统，智能电脑温度控制，高精度温度传感器，全自动温度恒温，地洞开关机，具有自动报警，无需人工操作，数码温度显示，可选配温湿度记录仪，确保库内物品存放安全。
制冷机房应装有事故排风装置。氨制冷机房的事故排风装置应采用防爆型。当制冷系统发生事故而被切断电源时，应能保证事故排风装置的可靠供电。
氨制冷机房、高低压配电室应设置应急照明，照明灯具应选用防爆型，照明持续时间不应小于30min。