植物生长发育必需16种元素，但对其需要量有很大差别，习惯上把碳、氢、氧、氮、磷、钾、钙、镁、硫称为大量元素；把需要量少的，含量在0.01%以下的其余7种元素称为微量元素。微肥即对微量元素肥料的简称。是相对于大量元素而言的，主要包括铁、锌、铜、锰、硼、钼几种元素。 传统上对微量元素铁、锌、锰等元素的补充使用其无机盐形式，如硫酸锌、硫酸亚铁和硫酸锰等，但存在有很大的问题（如硫酸亚铁在自然条件下极易转化为三价铁而失去作用，硫酸锌、硫酸锰极易流失），应用范围较窄、效能低下，不利于作物吸收，而且由于土壤的自身碱性反应和氧化还原反应，使之形成难溶的氢氧化物等，降低其生物学活性，不但起不到补充微量元素的作用，而且还会造成土壤板结，不利于环境保护和农业的可持续发展。
狭义的生物肥料，是通过微生物生命活动，使农作物得到特定的肥料效应的制品，也被称之为接种剂或菌肥，它本身不含营养元素，不能代替化肥。广义地生物肥料是既含有作物所需的营养元素，又含有微生物的制品，是生物、有机、无机的结合体它可以代替化肥，提供农作物生长发育所需的各类营养元素。化肥和农药的大量应用对于人类而言利弊并存，为兴利除弊，科学家提出了“生态农业”，逐步实现在农田里少使用或不使用化肥和化学杀虫剂，而使用有机生物肥料和采用微生物方法防治病虫害。
生物有机肥料 农业和畜牧业的废弃物或有机垃圾经有益微生物发酵、加工而成的有机肥料称为生物有机肥料。生物有机肥料含大量有机质和大量活的有益微生物及微生物代谢产物，兼有微生物接种剂和有机
肥料的作用。由于企业的生产技术、菌种来源各不相同，存在的问题也相应较多。生物有机肥料与其它生物肥料（如微生物接种剂、复合微生物肥料等）在使用的菌种、生产工艺等方面各有不同。 首先，在菌种使用方面，微生物接种剂使用的菌种主要是圆褐固氮菌、巨大芽孢杆菌及根际促生细菌芽孢杆菌和假孢菌。但这类菌种基本上没有发酵的功能。其次，在生产工艺上有所不同。生物有机肥料还没有国家、行业或地方标准，农业部生物肥料质量监督检验测试中心正组织有关专家进行生物有机肥料标准的制定工作。企业要生产，应先制定企业标准作为产品生产和质量检验的依据。建议企业在制定标准时，把活菌数定为≥0.2亿个/克，有机质≥35%。
一种好的生物肥料在有效活菌数、含水量、PH值、吸附剂颗粒细度、有机质含量、杂菌率以及有效保存期等方面都有严格的要求。根据中国NY227－94农业行业标准规定，液体生物肥料每毫升应含5亿～15亿个活的有效菌。固体生物肥每克含活的有效菌为1亿～3亿个，含水量20%～35%为宜，吸附剂细度在0.18毫米左右，吸附剂的细度越细吸附的有效菌就越多。PH5.5～7.5，杂菌率低于15%～20%，不含致病菌和寄生虫，有效保存期不低于6个月。
中国政府针对生物肥料（微生物肥料）的研发、产品质量、推广应用等方面非常重视，监管方面实行生产许可制度并由农业部审核并发放，“北京世纪阿姆斯生物技术有限公司”为中国获证企业。随着生物肥料的发展，少数地方在生产生物肥料时出现了无生产许可证、生产工艺落后、用未通过鉴定的菌种进行生产、有效菌含量低、杂菌超标等现象。还有些厂家在生物肥料中加入不适量的化肥或其它添加剂，使肥料中化肥的氮、磷、钾含量过高导致有效菌死亡，而失去生物肥的作用。因此在选用生物肥料时要注意产品质量，防止假冒伪劣产品，以避免给农业生产带来不应有的损失。 正确、合理的使用方法是发挥生物肥料作用的重要保证，要根据不同作物和当地的土壤条件等具体情况来选用不同的生物肥料。生物肥料常用于拌种、作基肥和追肥等，在使用方式上，生物肥可作叶面喷施，沾根等。总之，生物肥是发展起来的一类特殊肥料，农民朋友在应用中要不断总结经验，注意方法，使生物肥料在农业生产中起到应有的作用。