有干货集装箱（DRY CONTAINER）、散货集装箱（BULK CONTAINER）、液体货集装箱、冷藏箱集装箱，以及一些特种专用集装箱，如汽车集装箱、牧畜集装箱、兽皮集装箱等。
杂货集装箱是是最普通的集装箱，主要用于运输一般杂货，适合各种不需要调节温度的货物使用的集装箱，一般称通用集装箱。
散货集装箱是用以装载粉末、颗粒状货物等各种散装的货物的集装箱。
液体货集装箱是用以装载液体货物的集装箱。
冷藏集装箱是一种附有冷冻机设备，并在内壁敷设热传导率较低的材料，用以装载冷冻、保温、保鲜货物的集装箱。
汽车集装箱是一种专门设计用来装运汽车，并可分为两层装货的集装箱。
牲畜集装箱（PEN CONTAINER）是一种专门设计用来装运活"牲畜的集装箱，有通风设施，带有喂料和除粪装置。
兽皮集装箱是一种专门设计用来装运生皮等带汁渗漏性质的货物，有双层底，可存贮渗漏出来的液体的集装箱。
按用途分
有冷冻集装箱（REEFER CONTAINER），简写RF，挂衣集装箱（DRESS HANGER CONTAINER），开顶集装箱（OPEN TOP CONTAINER）简写OT，框架集装箱（FLAT RACK CONTAINER）简写FR，罐式集装箱（TANK CONTAINER）简写TK、冷藏集装箱、平台集装箱（PLATFORM CONTAINER）、通风集装箱（VENTILATED CONTAINER）、保温集装箱（INSULATED CONTAINER）。
集装箱装卸区
是集装箱运输中，箱或货装卸交换保管的具体经办部门。它受承运人或其代理人的委托，进行下列各项业务：
对整箱货运的交换、保管；
设有集装箱货运站者，办理拼箱货的交接；
安排集装箱船的靠泊，装卸集装箱，每航次编制配载图；
办理有关货运单证的编签；
编制并签验集装箱运用运载工具的出入及流转的有关单证；
办理集装箱及运载工具、装卸工具的情况检查、维修，以及空箱的清扫、熏蒸等工作；
空箱的收发、存贮和保管；
安排空箱和重箱在堆场的堆码，及编制场地分配计划；
其他有关业务工作。
集装箱装卸区一般由专用码头、前沿、堆场、货运站、指挥塔、修理部门、大门和办公室组成。有时堆场或货运站等可延伸到市区内部事5-15公里的中转站。