在反渗透系统运行过程中，脱盐率和产水量的下降是最常见的故障，膜元件进水流道的堵塞并伴随着组件压差的增加是另一类典型的故障。如果脱盐率和产水量较平缓地下降，这就表明系统存在正常的污堵，它可以通过恰当和定期的化学清洗来解决。而快速或突然的性能下降表明系统有缺陷或误操作，必须尽早采取相应的措施。
在反渗透系统中存在的潜在问题，通过监视产水流量，盐透过率（脱盐率）以及反渗透膜组件的压差，便可能被及早地发现。因此，我们建议操作人员记录和检查每一天的运行数据，并采取即时有效的对策，纠正和解决存在的错误和问题，以防止系统发生重大事故。要求对产水流量和脱盐率的数值进行标准化，以便于对系统的性能作出正确的判断。
膜污染是一个十分棘手的问题，它不但会造成系统的产水量降低，脱盐率下降，同时会增加系统操作压力，间接造成运行成本增加。常见的膜污染物包括有机物/胶体污染，微生物污染，无机结垢污染等。通过目测膜元件的外观和称重可以得出有关污堵或结垢故障的信息，本文主要介绍如何快速判断污染物类型，以便选择合适的解决方案。
有机物/胶体污染：进水中有机物吸附在元件膜表面，会造成通量的损失，常发生在系统第一段，造成产水量下降，一段压差增加，打开一段膜壳进水侧，会发现膜元件端面有粘稠状污染物。
微生物污染：常发生在系统第一段，造成产水量下降，脱盐率下降，一段压差增加，打开一段膜壳进水侧检查，会发现粘稠状污染物，并伴有腥臭味。生物污堵严重时会引起膜系统前段压降的显著增加，对进水水流产生极高的阻力，容易造成膜元件进水端产生望远镜现象，而在浓水端发生格网冲出现象。
絮凝剂/阻垢剂污染：当聚合有机阻垢剂与多价阳离子如铝或残留聚合阳离子絮凝剂相遇时，将会形成胶状沉淀，严重污染前段的膜元件。常发生在系统第一段，造成产水量下降，一段压差增加，对于聚铝类污染，保安过滤器滤芯以及膜端面上会存在黄色。
无机垢类污染：结垢是微溶或难溶盐类的沉淀或沉积的水化学问题，一般出现在未设置恰当的预处理而且回收率偏高的系统。结垢常发生在系统的最后一段，造成压差增加，产水量下降。打开二段膜壳会发现有大量结晶物沉积在膜壳适配器以及膜元件上。
由于污染物种类较多，本文仅介绍了几种常见易辨别的污染物，针对复杂的污染物，可以联系相应的检测机构进行分析，寻找解决方案。